生產管理過程中，需要根據實際選址程度，采用科學的方法進行設置位置的確定，明確企業的整體生產運作系統要求，以有效的、合理的、經濟的方式進行經營管理。一般而言，藥廠的沖劑、片劑、膠囊等固體制劑是可以在一個潔凈車間進行生產的，而糖漿制劑、口服液制劑等需要在另外一個車間進行布局。如果潔凈車間多，廠房面積條件好，最好分開布局，不同的工藝生產線生產不同的產品，這有利于提高產品的潔凈度。對于大型輸液劑、粉針類制劑則需要采用單獨形式的專業化布局，每一個產品都需要使用唯一單獨的一個車間完成生產，不可以相互劑型進行混合使用。產品的對象布局較為簡單，潔凈車間生產流程順序合理，就可以保證工藝對象的合理性，降低復雜程度。 

按照布局，逐步完善投資費用，控制物料的搬運量，縮短物料的搬運時間，保證搬運質量水平，減少不同場地的運轉，防止運輸過程中出現物料污染的情況。按照生產管理需求，合理的控制投資的費用、設施的布置，保證適應不同的實際需求，合理的進行改造分析管理過程處理。對于生產率較高，設備維護方便的潔凈車間，可以采用數據監控的方式，人員管理。對于生產率低，維護不方便的，可以全程采用機械數據監控方式，防止因為人員操作管理，造成潔凈等級的下降。